1- دکتری تخصصی پزشکی مولکولی، گروه کودکان، بیمارستان بعثت، دانشگاه علوم پزشکی کردستان، سنندج، ایران 2- دانشیار، مرکز تحقیقات سرطان و ایمونولوژی، پژوهشکده توسعه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی کردستان، سنندج، ایران 3- استادیار، مرکز تحقیقات سرطان و ایمونولوژی، پژوهشکده توسعه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی کردستان، سنندج، ایران ، o.zarei@muk.ac.ir
چکیده: (197 مشاهده)
زمینه و هدف:گیرنده تیروزین کینازی RON در فرایندهای زیستی، مانند تکثیر سلولی، مهاجرت و بقا، نقش دارد و اختلال در تنظیم آن با سرطان‌ها مرتبط است. پروتئین محرک ماکروفاژ (MSP) از دو زنجیره آلفا و بتا تشکیل شده است و با اتصال به RON، آن را فعال می‌کند. باوجود مطالعات ساختاری انجام‌شده در MSP، اطلاعات ساختاری تجربی کاملی از زنجیره آلفای آن در دسترس نیست. هدف این مطالعه، مدل‌سازی و اعتبارسنجی زنجیره آلفای MSP و مدل‌سازی ساختاری MSP بالغ بود. مواد و روش‌ها: مدل‌های 1 تا 3 زنجیره آلفای MSP با استفاده از SWISS-MODEL، I-TASSER و AlphaFold تهیه شدند. توالی بالغMSP ، شامل اسیدهای آمینه 19 تا 711 به‌صورت توالی پیوسته با AlphaFold مدل‌سازی و مدل 4 ایجاد شد. اعتبار مدل‌ها با استفاده از Verify3D، PROCHECK و ERRAT ارزیابی شد. یافته‌ها: در مدل‌های 1 تا 3، به‌ترتیب 81/32، 86/88 و 82/58 درصد از اسیدهای آمینه امتیاز 3D-1D برابر یا بیشتر از 0/1 داشتند؛ این مقدار در مدل 4 برابر 79/37 درصد بود. براساس نمودار راماچاندران، 86/0، 65/4 و 84/5 درصد از اسیدهای آمینه مدل‌های 1 تا 3 در ناحیه مطلوب‌ترین قرار داشتند؛ این مقدار در مدل 4 برابر 88/2 درصد بود و هیچ اسید آمینه‌ای در ناحیه غیرمجاز قرار نداشت. امتیاز ERRAT مدل 4 برابر 93/15 بود. نتیجه‌گیری: مدل‌سازیMSP، به‌ویژه مدل 4، پوشش کامل‌تری از پروتئین بالغ فراهم می‌کند و می‌تواند مبنایی برای مطالعات ساختاری و محاسباتی آینده درباره MSP و RON باشد. تأیید تجربی ساختار MSP برای تکمیل اطلاعات حاصل از مدل‌سازی ضروری است.
Rashidi A, Mohammadi H, Ghaderi B, Zarei O. Computational modeling and validation of the alpha chain of macrophage stimulating protein. SJKU 2026; 31 (4) :11-20 URL: http://sjku.muk.ac.ir/article-1-8077-fa.html
رشیدی اسرین، محمدی هادی، قادری بایزید، زارعی امید. مدل‌سازی و اعتبارسنجی محاسباتی زنجیره آلفا و مدل‌سازی ساختاری پروتئین محرک ماکروفاژ بالغ. مجله علمي دانشگاه علوم پزشكي كردستان. 1405; 31 (4) :11-20
