|
مروری بر استراتژی‌های بهینه‌سازی و معایب و مزایای روش PCR با استفاده از پرایمر های دو جفتی (PCR-CTPP)در مطالعات ژنومیکس
|
زینب جمشیدی1    ، خیراله یاری خلیلانی 2 |
1- دانشجوی کارشناسی بیوتکنولوژی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه ملایر، همدان، ایران،
2- استادیار، مرکز تحقیقات بیولوژی پزشکی، پژوهشکده فناوری‌های سلامت، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران ، Khirollah.yari@yahoo.com |
|
|
چکیده: (2044 مشاهده) |
زمینه و هدف: روش های مختلفی برای تعیین ژنوتیپ در پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی وجود دارد. روش PCR با استفاده از پرایمر های دو جفتی (PCR-CTPP) روشی مناسب، کم هزینه، سریع برای تعیین ژنوتیپ پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNPs) است که نسبت به سایر روش‌ها در زمان و هزینه صرفه‌جویی می‌کند. در روشPCR-CTPP، محصولات اختصاصی آلل ژن مورد نظر به‌صورت انتخابی با اضافه کردن دو جفت پرایمر به همراه میکس معمول PCR در یک لوله تکثیر می‌شوند. چهار پرایمر وابسته به آلل شامل، پرایمر F1 (سنس) و R1 (آنتی سنس) برای یک آلل که پرایمر R1 نوکلئوتید آنتی سنس را در انتهای 3′ خود دارد و پرایمرهای F2 (سنس) و R2 (آنتی سنس) برای آلل دیگر که F2، نوکلئوتید سنس را در انتهای 3′ خود دارد. در PCR-CTPPسه محصول با سایزهای مختلف تکثیر می‌شوند که امکان تعیین ژنوتیپ SNP را در ژل الکتروفورز فراهم می‌کند. به منظور افزایش تکرارپذیری و دقت نتایجPCR-CTPP ، بهتر است قبل از تعیین ژنوتیپ نمونه، پروتکل این روش بهینه گردد. هدف این مطالعه مروری بر استراتژی‌های استفاده شده برای کاربرد بهینه و ذکر معایب و مزایای روش PCR-CTPP در مطالعات تعیین ژنوتیپ پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی است.
مواد و روش‌ها: مقالات مرتبط با روش PCR-CTPP از پایگاه های داده‌ای مانند ISI web of Science، Science direct ، Pubmed، Google scholar، SID و Scopus جستجو شد.
یافته‌ها: برای کارایی بیشتر و تکرارپذیری روش CTPP پیشنهاد می‌شود با الگوریتم و نرم افزارهای اختصاصی طراحی پرایمر، به اختصاصیت و یکسانی دماهای ذوب پرایمرهای طراحی شده توجه کرد.
نتیجه‌گیری: استراتژی های بهینه سازی نسبت غلظت پرایمرهای داخلی و خارجی، اضافه کردنی مواد افزودنی تقویت کننده تکثیر به میکس واکنش PCR و استفاده از برنامه touchdown نیز پیشنهاد می شود.
|
|
| واژه‌های کلیدی: PCR، PCR با استفاده از پرایمر های دو جفتی ژنوم، پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی تعیین ژنوتیپ |
|
|
متن کامل [PDF 357 kb]
(585 دریافت)
|
نوع مطالعه: مروری |
موضوع مقاله:
پزشکی مولکولی و ژنتیک
دریافت: 1400/6/2 | پذیرش: 1400/10/13 | انتشار: 1401/9/23
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال پیام به نویسنده مسئول |
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
