Scientific Journal of Kurdistan University of Medical Sciences

fa مدل‌سازی و اعتبارسنجی محاسباتی زنجیره آلفا و مدل‌سازی ساختاری پروتئین محرک ماکروفاژ بالغ Computational modeling and validation of the alpha chain of macrophage stimulating protein پزشکی مولکولی و ژنتیک Molecular Medicine and Genetics پژوهشي اصیل Original Research <div style="direction: ltr; text-align: right;">زمینه و هدف: گیرنده تیروزین کینازی RON در فرایندهای زیستی، مانند تکثیر سلولی، مهاجرت و بقا، نقش دارد و اختلال در تنظیم آن با سرطان‌ها مرتبط است. پروتئین محرک ماکروفاژ (MSP) از دو زنجیره آلفا و بتا تشکیل شده است و با اتصال به RON، آن را فعال می‌کند. باوجود مطالعات ساختاری انجام‌شده در MSP، اطلاعات ساختاری تجربی کاملی از زنجیره آلفای آن در دسترس نیست. هدف این مطالعه، مدل‌سازی و اعتبارسنجی زنجیره آلفای MSP و مدل‌سازی ساختاری MSP بالغ بود. مواد و روش‌ها: مدل‌های 1 تا 3 زنجیره آلفای MSP با استفاده از SWISS-MODEL، I-TASSER و AlphaFold تهیه شدند. توالی بالغMSP ، شامل اسیدهای آمینه 19 تا 711 به‌صورت توالی پیوسته با AlphaFold مدل‌سازی و مدل 4 ایجاد شد. اعتبار مدل‌ها با استفاده از Verify3D، PROCHECK و ERRAT ارزیابی شد. یافته‌ها: در مدل‌های 1 تا 3، به‌ترتیب 81/32، 86/88 و 82/58 درصد از اسیدهای آمینه امتیاز 3D-1D برابر یا بیشتر از 0/1 داشتند؛ این مقدار در مدل 4 برابر 79/37 درصد بود. براساس نمودار راماچاندران، 86/0، 65/4 و 84/5 درصد از اسیدهای آمینه مدل‌های 1 تا 3 در ناحیه مطلوب‌ترین قرار داشتند؛ این مقدار در مدل 4 برابر 88/2 درصد بود و هیچ اسید آمینه‌ای در ناحیه غیرمجاز قرار نداشت. امتیاز ERRAT مدل 4 برابر 93/15 بود. نتیجه‌گیری: مدل‌سازیMSP، به‌ویژه مدل 4، پوشش کامل‌تری از پروتئین بالغ فراهم می‌کند و می‌تواند مبنایی برای مطالعات ساختاری و محاسباتی آینده درباره MSP و RON باشد. تأیید تجربی ساختار MSP برای تکمیل اطلاعات حاصل از مدل‌سازی ضروری است.</div> <div> <div> <div class="msocomtxt" id="_com_1" language="JavaScript" on=""><illegal tag=""></illegal></div> </div> </div> Background and Aim: The receptor tyrosine kinase RON plays important roles in various biological processes, including cell proliferation, migration, and survival, and its dysregulation has been associated with various types of cancer. Macrophage-stimulating protein (MSP) consists of alpha and beta chains and activates RON upon binding. Despite structural studies on MSP, complete experimental structural information on its alpha chain is not available. This study aimed to model and validate the MSP alpha chain structure and the structure of mature MSP. Materials and Methods: Models 1-3 of the MSP alpha chain were generated using SWISS-MODEL, I-TASSER, and AlphaFold. The mature MSP sequence, comprising amino acids 19–711, was modeled as a continuous sequence using AlphaFold to generate Model 4. The models were validated using Verify3D, PROCHECK, and ERRAT. Results: In Models 1-3, 81.32%, 86.88%, and 82.58% of the amino acid residues, respectively, had 3D-1D scores of ≥0.1, while this value was 79.37% for Model 4. According to the Ramachandran plots, 86.0%, 65.4%, and 84.5% of the residues in Models 1–3, respectively, were located in the most favored regions, compared to 88.2% in Model 4. No residues were located in the disallowed region. The ERRAT score for Model 4 was 93.15. Conclusion: Modeling of MSP, particularly Model 4, provides more comprehensive coverage of the mature protein and may serve as a basis for future structural and computational studies of MSP and RON. Experimental validation of the MSP structure is necessary to complement the structural information obtained through computational modeling. سرطان, مدل‌سازی محاسباتی, پروتئین محرک ماکروفاژ (MSP), گیرنده RON, ساختار سه‌بعدی پروتئین Cancer, Computational modeling, Macrophage-stimulating protein (MSP), RON receptor, Three-dimensional protein structure 11 20 http://sjku.muk.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-7509-1&slc_lang=fa&sid=1 Asrin Rashidi اسرین رشیدی asrin.rashidi@gmail.com 5400319475328460074810 0009-0001-8915-0130 No Ph.D. in Molecular Medicine, Department of Pediatrics, Besat Hospital, Kurdistan University of Medical Sciences, Sanandaj, Iran دکتری تخصصی پزشکی مولکولی، گروه کودکان، بیمارستان بعثت، دانشگاه علوم پزشکی کردستان، سنندج، ایران Hadi Mohammadi هادی محمدی Hadymohammadi1361@gmail.com 5400319475328460074811 5400319475328460074811 No Associate Professor, Cancer and Immunology Research Center, Research Institute for Health Development, Kurdistan University of Medical Sciences, Sanandaj, Iran دانشیار، مرکز تحقیقات سرطان و ایمونولوژی، پژوهشکده توسعه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی کردستان، سنندج، ایران Bayazid Ghaderi بایزید قادری bayazid.g@yahoo.com 5400319475328460074812 5400319475328460074812 No Associate Professor, Cancer and Immunology Research Center, Research Institute for Health Development, Kurdistan University of Medical Sciences, Sanandaj, Iran دانشیار، مرکز تحقیقات سرطان و ایمونولوژی، پژوهشکده توسعه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی کردستان، سنندج، ایران Omid Zarei امید زارعی o.zarei@muk.ac.ir 5400319475328460074813 5400319475328460074813 Yes Assistant Professor, Cancer and Immunology Research Center, Research Institute for Health Development, Kurdistan University of Medical Sciences, Sanandaj, Iran استادیار، مرکز تحقیقات سرطان و ایمونولوژی، پژوهشکده توسعه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی کردستان، سنندج، ایران