fa شناسایی SARS-CoV- 2 با تکنیک تکثیر به‌واسطه‌ی حلقه‌ی ایزوترمال معکوس (RT-LAMP) میکروبیولوژی Microbiology پژوهشي اصیل Original Research <span style="font-size:13pt"><span style="line-height:normal"><span style="text-autospace:none"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">زمینه و هدف</span></span></b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">: بیماری کووید-19 یک نگرانی بهداشت جهانی است که نیاز به</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">تست تشخیص سریع کمی دارد. در حال حاضر تکنیک استاندارد برای</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">تشخیص</span></span> <span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">SARS-CoV-2</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> رونویسی معکوس </span></span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">(qRT-PCR)</span><span style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> انجام می‌گیرد</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">.<b> </b></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">هدف از این مطالعه طراحی روش حساس</span></span> <span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">(RT-LAMP) LAMP</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> برای تشخیص ویروس </span></span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">SARS-CoV-2</span><span style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> بود</span></span><b><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">.</span></span></b></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:13pt"><span style="line-height:normal"><span style="text-autospace:none"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">مواد و روش‌ها:</span></span></b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> در این مطالعه آزمایشگاهی نمونه بیماران با استفاده از سواب های حنجره، حلق و بینی تهیه و پس از استخراج </span></span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">RNA</span><span style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> و سنتز </span></span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">cDNA</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">، ویروس </span></span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">SARS-CoV-2</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> با استفاده از روش</span></span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt"> RT-LAMP </span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">مورد ارزیابی قرار گرفت. بدین منظور از پرایمرهای طراحی شده با هدف قرار دادن</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">ژن‌های </span></span><i><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">N </span></i><i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">و</span></span></i><i><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt"> E</span></i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">، حساسیت روش</span></span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt"> RT-LAMP </span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">مورد بررسی قرار گرفت</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">.</span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:13pt"><span style="line-height:normal"><span style="text-autospace:none"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b style="color: black;"><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">یافته‌ها:</span></span></b><span lang="FA" style="color: black; font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family:" zar=""> در این مطالعه</span></span> <span lang="FA" style="color: black; font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family:" zar="">19 نمونه </span></span><span dir="LTR" style="color: black; font-size: 11pt;">RNA</span><span lang="FA" style="color: black; font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family:" zar=""> ویروس </span></span><span dir="LTR" style="color: black; font-size: 11pt;">SARS-CoV-2</span> <span lang="FA" style="font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family: " zar=""><font color="#000000">مورد بررسی قرار گرفت</font><font color="#0782c1">.</font></span></span><span lang="AR-SA" style="color: black; font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family:" zar="">&nbsp;نتایج این مطالعه نشان می‌دهد که</span></span>&nbsp;<span lang="FA" style="color: black; font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family:" zar="">برای</span></span><span lang="FA" style="color: black; font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family:" zar=""> تشخیص و مشاهده کدورت یا تغییر رنگ فلورسنت و همچنین ژل آگارز الکتروفورز حساسیت بیشتری دارد. برای بررسی تعداد کپی ژن </span></span><span dir="LTR" style="color: black; font-size: 11pt;">E</span><span lang="FA" style="color: black; font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family:" zar=""> تست بر روی ژل الکتروفورز آخرین رقت ^9-10 و بر اساس نور فلورسنت آخرین رقت قابل&nbsp;</span></span>&nbsp;<span lang="FA" style="color: black; font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family:" zar="">بررسی ^8-10 بود که با ژل الکتروفورز 1 کپی و بر اساس فلورسنت 14 کپی را تشخیص می دهد؛ اما در مورد ژن </span></span><span dir="LTR" style="color: black; font-size: 11pt;">N</span><span lang="FA" style="color: black; font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family:" zar=""> بر روی ژل تا رقت ^10-10 و در اثر نور فلورسنت تا رقت ^8-10 قابل بررسی بود که به ترتیب توان تشخیص 1 کپی و 17 کپی را داشتند که با فرمول </span></span><span dir="LTR" style="color: black; font-size: 11pt;">Chiang</span><span lang="FA" style="color: black; font-size: 12pt;"><span b="" style="font-family:" zar=""> محاسبه گردید.</span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:13pt"><span style="line-height:normal"><span style="text-autospace:none"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">نتیجه‌گیری:</span></span></b><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> نتایج این مطالعه نشان داد که روش</span></span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt"> LAMP </span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">یک روش ساده، سریع، حساس و خاص که برای تشخیص </span></span><span dir="LTR" style="font-size:11.0pt">SARS<i>-</i>CoV-2</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> است که ممکن است پتانسیل تشخیصی را در آزمایشگاه‌های بالینی بهبود بخشد.</span></span><b><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span style="font-family:"B Zar""></span></span></b></span></span></span></span></span></span></span> <span style="font-size:13pt"><span style="line-height:normal"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span style="font-size:12.0pt">Background and Aim:</span></b><span style="font-size:12.0pt"> Covid-19 disease is a global health concern that requires rapid quantitative diagnostic testing. The standard technique for diagnosing SARS-CoV-2 is now REAL-TIME PCR. The aim of this study was to design a sensitive Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification method for the early identification of SARS-CoV-2.</span><b><span style="font-size:12.0pt"></span></b></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:13pt"><span style="line-height:normal"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span style="font-size:12.0pt">Material and Methods: </span></b><span style="font-size:12.0pt">In this laboratory study, specimens were prepared from the patients by laryngeal, pharyngeal, and nasal swabs and after RNA extraction and cDNA synthesis. SARS-CoV-2 virus was evaluated using the RT-LAMP method.</span> <span style="font-size:12.0pt"><span style="background:white">Sensitivity of the &nbsp;RT-LAMP method was evaluated by primers targeting <i>N</i> and <i>E</i> genes.</span></span><b><span style="font-size:12.0pt"></span></b></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:10pt"><span style="line-height:normal"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span style="font-size:12.0pt">Results: </span></b><span style="font-size:12.0pt">In this study, 19 SARS-CoV-2 RNA samples were examined.</span><span style="font-size:12.0pt"> <a name="_Hlk96850726">According to the results of this study </a></span><span style="font-size:12.0pt"><span style="background:white">turbidity or discoloration of fluorescent dye showed that agarose electrophoresis gel is a more sensitive test. Detection limits for the number of&nbsp; <i>E</i> gene copy were observed at the dilutions of 10^-9 and 10^-8for gel electrophoresis and fluorescent light, respectively. This means detection of 1 copy and 14 copies for the two above-mentioned methods, respectively. However, in the case of the <i>N</i> gene the detection limits, were at the dilutions of 10^-10 on the gel and 10^-8 by fluorescent light, which indicated detection of 1 copy and 17 copies, respectively. The calculations were performed using the Chiang formula.</span></span><span style="font-size:12.0pt"></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:13pt"><span style="line-height:normal"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"><b><span style="font-size:12.0pt">Conclusion:</span></b> <span style="font-size:12.0pt">The results of this study showed that the LAMP was a simple, fast, sensitive, and specific method for the diagnosis of SARS-CoV-2 that may improve the diagnostic potential in clinical laboratories.</span><b><span style="font-size:12.0pt"></span></b></span></span></span></span></span><br> <br> &nbsp; SARS-CoV-2, کووید-19, تکثیر به واسطه‌ی حلقه‌ی ایزوترمال معکوس, ویروس. SARS-CoV-2, Covid-19, Reverse transcription loop-mediated isothermal a 66 76 http://sjku.muk.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-4680-5&slc_lang=fa&sid=1 Ali Haji Esmaili Qomi علی حاجی اسماعیلی قمی Aliesmaili5@yahoo.com 5400319475328460058080 5400319475328460058080 No Infectious Diseases Research Center, Aja University Of Medical Sciences, Tehran, Iran. مرکز تحقیقات بیماری‌های عفونی، دانشگاه علوم پزشکی آجا، تهران، ایران Mahtab Noorifard مهتاب نوری فرد Mahtab-noorifard@yahoo.com 5400319475328460058081 5400319475328460058081 Yes Infectious Diseases Research Center, Aja University of Medical Sciences, Tehran, Iran مرکز تحقیقات بیماری‌های عفونی، دانشگاه علوم پزشکی آجا، تهران، ایران Ramin Hamidi Farahani رامین حمیدی فراهانی rgramin@yahoo.com 5400319475328460058082 5400319475328460058082 No Infectious Diseases Research Center, Aja University of Medical Sciences, Tehran, Iran مرکز تحقیقات بیماری‌های عفونی، دانشگاه علوم پزشکی آجا، تهران، ایران. Mehdi Shakori Khomartash مهدی شکوری خمارتاش shakormehdi@gmail,com 5400319475328460058083 5400319475328460058083 No Infectious Diseases Research Center, Aja University of Medical Sciences, Tehran, Iran مرکز تحقیقات بیماری‌های عفونی، دانشگاه علوم پزشکی آجا، تهران، ایران. abbas Morovvati عباس مروتی abbasmorovvati@gmail.com 5400319475328460058084 5400319475328460058084 No Department of Microbiology, Faculty of Basic Science Qom Branch, Islamic Azad University, Qom, Iran گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم پایه واحد قم، دانشگاه آزاد اسلامی، قم، ایران. Ashkan Dirbazian اشکان دیربازیان ghadir02017@gmail.com 5400319475328460058085 5400319475328460058085 No Department of Microbiology, Faculty of Basic Science Qom Branch, Islamic Azad University, Qom, Iran گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم پایه واحد قم، دانشگاه آزاد اسلامی، قم، ایران Pegah Shakib پگاه شکیب shakib.pegah@yahoo.com 5400319475328460058086 5400319475328460058086 No Razi Herbal Researches Center, Lorestan University of Medical Sciences, Khorramabad, Iran. مرکز تحقیقات داروهای گیاهی رازی، دانشگاه علوم پزشکی لرستان، خرم آباد، ایران