fa بررسی تأثیر هسپرتین بر دینامیک مولکولی فاکتورهای پیش آپوپتوزی Bad ،Bak و Bim در محیط شبیه سازی شده عمومى General پژوهشي اصیل Original Research <strong>مقدمه:</strong> بسیاری از ترکیبات مشتق شده از گیاهان دارویی مانند آنتیاکسیدانها و پلی فنل ها نقش بسزایی در پیشگیری و درمان انواع سرطان ها دارند. یکی از فرایندهای مهار سرطان، فعال کردن مسیر آپوپتوز است و ما قصد داریم در این مطالعه، تأثیر دینامیک مولکولی هسپرتین (Hesperetin (را بر روی فاکتورهای پیش آپوپتوزی Bad ،Bak و Bim در محیط شبیهسازیشده بررسی نماییم.<br> <strong>روش کار:</strong> اطلاعات مربوط به ساختار سه بعدی و فایل های(Bank Data Protein (PDB سه فاکتور آپوپتوزی Bad ، Bak و Bim را از پایگاه اطلاعاتی org.rcsb.www دریافت کردیم و با استفاده از نرم افزارهای ,2.4.v AutoDock 2.9.1.v VMD و 4.5.4.v Gromacs فرایندهای بهینهسازی، شبیهسازی، اتصال مولکولی و محاسبات دینامیک مولکولی را انجام دادیم.<br> <strong>نتایج: </strong>مولکول Bad در اتصال با هسپرتین بیشترین میزان انرژی را آزاد میکند در حالی که تغییرات مربوط به شعاع چرخشی (Gyration of Radius (پروتئین Bad بعد از اتصال هسپرتین کاهش ولی برای پروتئین های Bak و Bim افزایش یافت. بیشترین تغییر ساختار دوم پروتئین مربوط به افزایش میزان ساختار Bent و کاهش میزان ساختار Sheet-&beta; در مولکول Bim بود.<br> <strong>بحث و نتیجه گیری:</strong> هسپرتین با تأثیر بر دینامیک مولکولی فاکتور های پیش آپوپتوزی Bad ،Bak و Bim میتواند فعالیت آنها را تحت تأثیر قرار دهد. هر چند که به نظر میرسد بیشترین تأثیر را در فعال کردن مولکول Bad دارد و با ایجاد تغییر در ساختار دوم پروتئین Bim میتواند منجر به فعال کردن این پروتئین و القاء آپوپتوز شود<br> &nbsp; <pre> <strong>Background and Aim:</strong> Many compounds derived from medicinal plants, such as antioxidants and polyphenols have significant roles in prevention and treatment of various cancers. Activation of apoptosis related pathways is one of the mechanisms for inhibition of cancer progression. In this study, we investigated the effect of molecular dynamics simulation of hesperetin on the pre-apoptotic factors of Bad, Bak, and Bim. <strong>Material and Methods:</strong> In this study we collected data about 3 dimensional structure and Protein Data Bank (PDB) files of three apoptotic factors of Bad, Bak, and Bim from Protein Data Bank (http://www.rscb.org/pdb). Using VMD v1.9.2, AutoDock v.4.2, and Gromacs v.4.5.4 softwares, we started processes such as optimization, simulation, molecular docking and molecular dynamics calculations. <strong>Results:</strong> Binding of Bad molecule to hesperetin led to release of the highest amount of energy and reduced changes in the radius of gyration of Bad protein. But after binding of Bim and Bak proteins to hesperetin, changes in the radius of gyration, increased. The most frequent change in the secondary protein structure was related to increased amount of Bent structure and decreased amount of &beta;-sheet structure in Bim molecule. <strong>Conclusion:</strong> Hesperetin can affect the activities of pre-apoptotic factors of Bad, Bak, and Bim by influencing their molecular dynamics. It seems that hesperetin has the highest effect on the activation of Bad molecule. Also, it can activate Bim protein and induce apoptosis via inducing alternations in the secondary structure of the protein.</pre> دینامیک مولکولی, آپوپتوز, هسپرتین Molecular dynamics, Apoptosis, Hesperetin 1 9 http://sjku.muk.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3516-1&slc_lang=fa&sid=1 Javad Saffari-Chaleshtori جواد صفاری چالشتری j_saffari@yahoo.com 5400319475328460025236 5400319475328460025236 No Department of Biochemistry, School of Medicine, Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran گروه بیوشیمی بالینی دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شیراز، شیراز، ایران Navid Jamali نوید جمالی jamali_navid@yahoo.com 5400319475328460025237 5400319475328460025237 No Department of Biochemistry, School of Medicine, Shiraz University of Medical Sciences, Shiraz, Iran گروه بیوشیمی بالینی دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شیراز، شیراز، ایران Ehsan Heydari احسان حیدری سورشجانی heydari.ss@yahoo.com 5400319475328460025238 5400319475328460025238 No Cellular & Molecular, Research Center, Basic Health Sciences Institute, Shahrekord University of Medical Sciences, Shahrekord, Iran مرکز تحقیقات بیوشیمی بالینی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران Keihan Ghatreh Samani کیهان قطره سامانی kgsamani@yahoo.com 5400319475328460025239 5400319475328460025239 Yes Clinical Biochemistry Research Center, Basic Health Sciences Institute, Shahrekord University of Medical Sciences, Shahrekord, Iran مرکز تحقیقات بیوشیمی بالینی، پژوهشکده علوم پایه سلامت، دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد، شهرکرد، ایران